Серик Шапкенов родился в 1979 году в Западно-Казахстанской области, в селе Каратобе. Окончил Западно-Казахстанский государственный университет по специальности "экономист-математик".
Трудовую деятельность начал в 2000 году преподавателем в Западно-Казахстанском государственном университете. В разные годы работал в структуре аппарата акима Западно-Казахстанской области.
В 2012-2015 годах был первым заместителем акима Западно-Казахстанской области. С 2015 по 2016 год был государственным инспектором Отдела государственного контроля и организационно-территориальной работы Администрации Президента.
С 2016 по 2018 год работал акимом Атырау. С 2018 по 2020 год был первым заместителем акима Атырауской области. В июне 2020 года стал вице-министром труда и соцзащиты.
Работал министром труда и социальной защиты населения с января 2021 года.
